Le substrat minéral est moins utilisé en tant que "litière" dans les terrariums, mais sert beaucoup plus à l'incubation.
Le sable
A utiliser pour des animaux vivants eux-mêmes sur du sable à l'état naturel et donc capables d'y résister en cas d'ingestions. Il faut être très prudent avec ce substrat car certains lézards ingèrent volontairement ou involontairement du substrat et cela peut leur causer des blessures internes très graves. Exemple: Pogona vitticeps et Eublepharis macularius sont des espèces fréquemment maintenues sur du sable alors que beaucoup meurent suite à des abrasions intestinales, occlusions, etc,...
Il ne présente pas beaucoup d'avantages, si ce n'est d'être esthétique. Il est lourd, poussiéreux, et peu absorbant.
Exemple d'espèces pouvant être maintenues sur du sable: Dipsosaurus dorsalis, Pogona minor, Leiocephalus carinatus, Eryx colubrinus, etc...
Le sable argileux
Ce sable une fois mouillé devient très modelable et devient dur et solidifié une fois sec. Il permet de créer un décor naturel avec des tunnels, galeries et dénivelés. De ce fait il devient assez difficile à nettoyer.
Vermiculite / Perlite
Ces substrats non poussiéreux sont surtout utilisés pour l'incubation des oeufs, en raison de leur fort pouvoir absorbant.